「ザトウクジラ」（Megaptera novaeangliae）は、ナガスクジラ科のヒゲクジラの一種で、体長は約14m、体重 は30トンにも達します。歯の代わりに上あご（上顎骨）に生えているヒゲで、小型の餌を濾（こ）し取って食べます。ザトウクジラには、頭部のコブ状隆起や、非常に長い胸びれ（体長の約1/3）、尾びれの背面の白黒の模様などが特徴です。ザトウクジラは小笠原のホエールウォッチングの代表的存在です。

ホエールウォッチングをするには、まずクジラが高々と吹き上げるブロー（潮吹き）を見つけることから始まります。ブローをすると、海水が霧となってしばらく海上を漂（ただよ）います。ブローが見つかれば、その方向から目をそらさずに次のブローを待ちます。ザトウクジラが尾びれを高くあげて潜水すると、深く潜水した合図です。潜水時間は通常10〜15分ほどです。ザトウクジラは、「ブリーチ」と呼ばれるジャンプや、「スラップ」と呼ばれる胸びれ・尾びれで海面を叩くユニークな動作を行います。これらは、ホエールウォッチングの楽しみとなっています。ザトウクジラがブリーチをして巨体を海面に叩きつけると、まるで爆音のような巨大な音が一帯に響き渡ります。ザトウクジラのオスは、独特な旋律の「歌（ソング）」を歌います。歌っているクジラは、単独である場合が多いです。水中マイクを用いれば録音することも可能です。

日本で初めてホエールウォッチングが行われた小笠原では、1989（平成元）年よりホエールウォッチングをする際に必要な自主ルールが日本で初めて制定され、国内の他のホエールウォッチングポイントの自主ルールのモデルとなっています。

適用鯨種は「ザトウクジラなどのヒゲクジラ亜目全種とマッコウクジラ」、適用海域は「小笠原諸島の沿岸20海里以内」です（1海里=1.852km）。20トン未満の小型船の場合、クジラから300ｍ以内を減速水域とし、クジラから100ｍ以内を侵入禁止水域とします（マッコウクジラについては50ｍ）。そして、クジラの進路や行動を妨げないようにします。

ダイオウイカを食べるマッコウクジラの模型

「マッコウクジラ」（Physeter macrocephalus）は、マッコウクジラ科の大型のハクジラの一種です。体長はオスが約16mで体重約37トン、メスは約11mで15〜20トンにもなります。潜水のチャンピオンと呼ばれ、潜水時間は30〜40分前後です。水深1000mを超す外洋域で見ることができます。小笠原では、父島の南島の沖合10kmあたりがウォッチングポイントの一つといわれています。ブロー（潮吹き）は、斜め前方に出るため、遠方からでも種の判別が可能です。突き出た頭も目印になります。胸びれの長いザトウクジラと比べると、胸びれはずんぐりしていて小型です。

小笠原ではメスとその子どもたちからなる「繁殖育児群」が多く見られますが、時々オスと思われる大きなマッコウクジラを見かけることもあります。マッコウクジラは、ダイオウイカなどの中・深層性の大型頭足類を食べています。小笠原では、ザトウクジラやマッコウクジラの他に、北太平洋では個体数が極めて少ないセミクジラがまれに出現しています。

ちなみに、マッコウクジラの腸内に残ったイカのくちばしを核として作られる結石のことを「龍涎香（りゅうぜんこう）」といい、香水の香料として使用されます。この香料が抹香（まっこう）に似た香りがすると言われたために「抹香鯨」という名前が付けられました。